Pilyssä tehdään monien pesimälajien seuranta- ja suojelutyötä. Monet yhdistyksen jäsenet ovat keskittyneet johonkin tiettyyn lajiin tai lajiryhmään ja tietävät niistä hyvin paljon. Osana yhdistystä toimii vuonna 2010 perustettu suojelutoimikunta. Suojelutoimikunta on hallituksen alainen asioita valmisteleva elin, jonka jäsenet valitaan kaksivuotiskaudeksi kerrallaan. Toimikuntaa johtaa yhdistyksen suojeluvastaava Jukka T. Helin. Toimikunnan tavoitat osoitteesta suojeluvastaava@pily.fi ja toimikunnan kokoonpanon yhteystietoineen löydät toimihenkilöt-sivulta.
Pilyläisten suojelu- ja tutkimuspanoksiin kuuluvat muun muassa:
Pirkanmaan lintutieteellinen yhdistys (Pily) ja Luonnonperintösäätiö avasivat helmikuussa 2014 kampanjan metsä- ja suoluonnon suojelemiseksi pohjoisella ja luoteisella Pirkanmaalla. Myöhemmin kampanja laajennettiin kattamaan koko Pirkanmaan suojelua. Kampanjan tavoitteena on löytää sopivia suojelukohteita ja kerätä rahaa niiden ostamiseksi suojeluun.
Suomen neljäs lintuatlas (2022–2025) on käynnissä! Lintuatlaksessa kartoitetaan Suomen ja samalla Pirkanmaan pesimälinnusto 10 x 10 kilometrin ruuduilla. Edelliset lintuatlakset on toteutettu vuosina vuosina 1974–79, 1986–89 ja 2006–2010.
Kolmannen lintuatlaksen tulokset ovat luettavissa täältä.